Buradaki Apollon Tapınağı Delphi ve Didim deki gibi kehanet merkezi olarak uzun zaman büyük önem taşımıştır. Kutsal alan ile ilgili en eski bilgiler Homerik hymnoslarda ( ezgiler ) İ.Ö. 7. ve 6. yüzyıla değin gitmektedir. Hellenistik ve Roma Dönemi boyunca da önem taşıyan Klaros Apollon Tapınağı'nın yakınında bir kutsal mağaranın bulunması, burada daha önceki dönemlerde bir Kybele kültünün varlığına işaret eder.
Klaros Apollon kutsal alanı ilk olarak C. Schuchardt tarafından saptanmıştır. Daha sonra 1907 yılında Theodore Macridy kutsal yolun başlangıcında yer alan propylon un ( anıtsal giriş binası ) sütununu bularak, 1913 yılında Charles Picard ile birlikte propylonu gün ışığına çıkarmış aynı zamanda büyük eksedrayı bulmuştur. I. Dünya Savaşı nedeniyle ara verilen çalışmalar 1950 yılında Louis Robert tarafından başlatılmış ve 1961 yılına değin sürdürülmüştür. 27 yıllık bir aradan sonra 1988'de başlayan kazılar Prof. Dr. Juliette de La Geniere başkanlığındaki bir ekip tarafından gerçekleştirilmektedir. 1988 - 1989 yıllarında yapılan sistematik temizlik çalışmaları sayesinde alüvyonlar altında kalmış olan yapılar açığa çıkarılmıştır.
Kutsal alanın başlangıcında yer alan ve deniz yoluyla gelenler için giriş konumunda olan propylon, İ.Ö. 2. yüzyılın ikinci yarısında inşa edilmiştir. Dor düzenindeki yapı kare planlı olup 3 krepis üzerinde yükselmekte ve kuzey bölümünde iki sütun bulunmaktadır. Orthostatlar, duvarlar, anteler ve sütunlarda Apollon kahinine danışmak üzere kentler adına gelmiş olan delegelerin ve tanrı Apollon a ilahiler söyleyen çocukların isimlerini içeren yazıtlar yer alır.
Propylon ile tapınak arasında uzanan ve tapınağın doğu cephesinde sona eren kutsal yolun iki kanadında, üzerinde Roma Dönemi ileri gelenleri, Asya eyaleti valileri ve antik kentler ile ilgili onur anıtları bulunmaktadır. Bunların üzerinde, anıt sahiplerine ait olabilecek bronz heykellerin izleri görülür.
Apollon tapınağı 26 x 46 m. boyutlarında olup Dor düzeninde inşa edilmiştir. Peripteros planındaki ( 6 x 11 sütunlu ) tapınak 5 krepis üzerinde yükselmekteydi. Tapınağın cellasında ( kült heykelinin bulunduğu oda ) büyük boyutlu Apollon heykeliyle birlikte Artemis ve Leto heykellerinin de ele geçirilmesi, burada Apollon un yanı sıra kız kardeşi Artemis ve anneleri Leto için de bir kültün varlığına işaret eder. Bulunan parçalara göre 7 - 8 m. yüksekliğinde olabileceği düşünülen Apollon heykeli oturur durumda, Artemis ve Leto heykelleri ise ayakta betimlenmiş olmalıdır. Bu anıtsal heykellerin mulajları, tapınağın batısında yeniden düzenlenmiştir. Stilistik açıdan İ.Ö. 3. yüzyılda yapımına başlandığı anlaşılan tapınağın peristyloslu İmparator Hadrianus ( İ.S. 2. yüzyıl ) tarafından tamamlanmıştır. Kazılardan elde edilen verilere göre, söz konusu tapınağın altında Arkaik Dönemde de Apollon a ait küçük bir tapınağın ve sunağın bulunduğu anlaşılmaktadır.
Tapınağın cellasının altında bugün taş kemerleri görülen kutsal bölümde kehanet, antik kaynaklara göre Delphi de olduğu gibi Pythia adı verilen kadın aracılığıyla değil, bir erkek kâhin aracılığıyla gerçekleştirilmiştir. Klaros ta bulunmuş olan yazıtların kehanet üzerine hiçbir bilgi vermemekle birlikte, Bergama, Sivas, Amasya, Kayseri ve Konya gibi kentlerde Klaros Apollonunun öğütlerini içeren yazıtlar bulunmuştur. Bunun yanı sıra, Psidia kentlerinden Sagalassos ta Klaros Apollon u için bir tapınak yapıldığı bilinmektedir. Klaros taki Apollon tapınağının kehanet alanındaki işlevini ortaya koyan en eski bilgi Büyük İskender Dönemine gitmektedir. Pausanias a göre Büyük İskendere rüyasında Pagos Dağı nın eteklerinde ( Kadifekale ) yeni, büyük bir kent kuracağı söylenmiş, bunun üzerine kral rüyanın yorumu için Klaros taki Apollon kahinine danışarak olumlu yanıt aldıktan sonra yeni Smyrna yı kurmuştur.
Tapınağın pronaosunda ( giriş bölümü ) kuzey ve güney yönünde iki merdiven bulunmakta, bunlar mavi mermerden yapılmış bir koridorda birleşmektedir. Doğu - batı yönündeki koridor, 0.70 m. genişlikte, 2.10 m. yükseklikte olup, daha sonra ikiye ayrılarak yeraltı salonlarına ulaşmaktadır. Yeraltındaki kemerli iki salondan oluşan, kâhinliğin yapıldığı adyton ( kutsal oda ) kült heykelinin bulunduğu cellanın altında yer almaktadır. Doğudaki kemerli salonda taş oturma bantlarının yanı sıra, Apollon un kutsal taşı olan mavi mermerden yapılmış omphalos bulunmaktadır. Bunun bir benzeri de Delphi de ele geçirilmiştir. Kahin ve yazman, bekleme odası niteliğindeki bu salonda durmaktaydı. Batıdaki ikinci salonda, doğudaki ile arasında yer alan kapıdan başka bir giriş bulunmamakta, yalnızca kâhinin karanlıkta girebildiği bu salonda, içinde kutsal suyun korunduğu, dikdörtgen bir kuyu yer almaktaydı. Kahin bu suyu içtikten sonra kehanetlerini şarkı şeklinde dile getirmekteydi.
Apollon tapınağının 27 m. doğusunda 9 x 18.45 m. ölçülerinde bir sunak yer almakta, tapınak ile sunak arasında kuzey - güney yönünde yerleştirilmiş 4 sıra halinde 100 adet hayvan bağlama bloğu bulunmaktadır. Üzerlerinde birer demir halkanın yer aldığı dikdörtgen formlu taş bloklar şimdiye dek bulunmuş olan tek örnektir ve kurban törenleri için yapılan düzenlemelerle ilgili bilgi vermesi açısından büyük önem taşımaktadır. Törenlerin yapıldığı alanın kuzey kenarı boyunca yer alan bir sıra stel, kutsal alanın bu bölümünü sınırlar görünümdedir. Klaros ta ele geçirilmiş olan bir decretum dan, Apollon a adanmış bayramların her beş yılda bir kutlandığı anlaşılmaktadır. Apollon tapınağının kuzeyinde, ona paralel olarak inşa edilmiş İon düzeninde küçük bir tapınak ve sunak yer almaktadır. Bu sunakta Arkaik Döneme ait Artemis heykelinin ele geçirilmesi, söz konusu tapınağın Artemis e adandığını göstermektedir.