Küçükkuyu, M.Ö.6. yüzyılda Lydna, M.Ö. 546 da Pers egemenliğine geçer. M.Ö. 494 yılında Miletos Kenti tümüyle tahrip edildiğinden, Miletos tan Gargara ya çok sayıda göçmen getirilmiştir. M.Ö. 480 yıllarında Atina yı da egemenliği altına almak üzere yola çıkan Pers Kralının Küçükkuyu da bir gece konakladığı, ancak aniden bastıran fırtına yüzünden pek çok askerini kaybettiği de rivayet olunmaktadır. Küçükkuyu M.Ö. 241 - 133 yılları arasında ise Bergaman ( Bergama ) Krallığı nın egemenliği altında kalmıştır.
Küçükkuyu ya, Cumhuriyet döneminde ilk yerleşenler; zeytinyağı fabrikası işletmecileri, liman çalışanları ve balıkçılar olmuştur. Küçükkuyu, Kurtuluş Savaşı yılları ve sonrasında Girit ve Midilli Adası ndan Türk ailelerinin gelmesiyle ve yurdun diğer bölgelerinden, özellikle Karadeniz Bölgesinden aldığı göçlerle gelişerek " köy " konumuna gelmiştir. 1944 depremi sonrası çevre köylerden göç eden köylülerle nüfus bir anda artmıştır. Önceleri Yeşilyurt ( Büyükçetmi ) olan köy merkezi daha sonra Küçükkuyu ya taşınmıştır. 1970 - 1989 arası muhtarlıkla idare edilen Küçükkuyu, 1989 da belde olmuştur.
Küçükkuyu; doğal güzellikleri, denizi, deniz ürünleri, şifalı suları ve bitkileri, temiz havası, taş yapıları, tarihi değerleri, zeytin ve zeytinyağlarıyla ve de üç bin yatak kapasitesi ile turizm alanında atılım yapma potansiyeline sahiptir. Küçükkuyu - Assos arasında bakirliğini korumuş harika koylar vardır.
Denizinin tertemiz suyu ve kumu ile Kadırga Koyu, iyi bir turizm beldesi olmaya aday yerlerden bir tanesidir. Aynı zamanda doğal yaşamın tahrip edilmemesi için doğal sit alanı ilan edilmiş. Kadırga Koyu nda bugüne kadar irili ufaklı 14 turistik tesis yapılmış, ama hiç birisi doğayı bozmamıştır. Gürültülü şehir yaşamından uzaklaşmak isteyen insanların aradıkları yerlerden biri olan Kadırga Koyu nda sizi rahatsız edebilecek tek gürültü kuş sesleridir.