Nysa daki yapı kalıntıları, batıdaki modern arkeolojinin gelişmeye başlaması ile birlikte özellikle 18. Yüzyılın sonlarından başlayarak gezgin ve araştırmacıların ilgisini çekmiştir. Daha sonra 1907 ve 1909 yıllarında antik kente gelen Alman Walther von Diest in sistematik araştırmaları ile Dr. Heinrich Pringsheim in yönetiminde Nysa da ilk arkeolojik araştırmalar başlamıştır. Bunu 1921 de yunanlıların kısa süreli kazısı ve daha sonra da İzmir ve Aydın Müzelerinin kazıları takip etmiştir. 1990 yılından başlayarak T.C. Kültür Bakanlığı, Anıtlar ve Müzeler Genel Müdürlüğü ile Ankara Üniversitesi, Dil ve Tarih - Coğrafya Fakültesi, Klasik Arkeoloji Anabilim Dalı adına başkanlığım altında Nysa'daki arkeolojik kazı ve restorasyon çalışmaları yapılmaktadır. Bu çalışmalara önümüzdeki yıllarda da devam edilecektir.
Kentin sur duvarları
Bugün Nysa yı çevreleyen Helenistik devir suruna ait herhangi bir kalıntıya rastlanmamaktadır. Ancak yer yer Bizans döneminden kalma sur izleri görülmektedir.
Gymnasium
Nysa daki gençlerin düşünsel ve bedensel olarak eğitim gördükleri, 70 x 165 m ölçütlerindeki bu büyük yapı kalıntısı Strabon zamanında büyük olasılıkla daha küçük ölçülerde bulunuyordu. Bugünkü yapı kalıntıları ise Roma imparatorluğu dönemine aittir.
Roma Hamamları
Nysa da Strabon tarafından değinilmeyen yapı kalıntılarından biriside Antik kentin doğusunda yer alan oldukça büyük bir yapı kalıntısıdır. Bu yapı geniş mekanları, dikdörtgen biçimli duvarları ve bir havuzu ile antik kentteki Roma Hamamlarıdır.
Kütüphane
M.S. 2.yy da inşa edilen ve 2 yılda büyük olasılıkla 3 katlı olan bu yapı Efes teki Celcus kütüphanesinden sonra Türkiye nin en iyi korunmuş 2.antik çağ kütüphanesidir. Okuma salonunun yüzölçümü 13.40 x 14.80 metrelik bir alanı kaplar. Rulolar yada yazmalardan oluşan ciltler nisler içinde yapılmış raflara konuluyordu.
Agora
89 x 105 m. Ölçülerinde olan ve 4 yanı sütunlarla çevrili Agora bir Pazar yeridir. Doğusunda ve kuzeyinde lon düzeninde çift sıra sütunların bulunduğu yapılan kazılar sonucunda ortaya çıkarılmıştır.
Amphitheatre
Strabon un amphitheatre olarak tanımladığı ve bugün sel suları nedeniyle oldukça tahrip görmüş ve 44 x 192 m. Ölçütlerindeki stadyum 30.000 kişiyi alabilecek kapasitededir.
Bouleuterion
Nysa antik kentinin en iyi korunmuş yapılarından birisi Bouleuterion dur. Strabon bu yapıyı Gerantikan ( Yaşlılar Meclisi ) olarak tanımlamıştır. 600 - 800 kişiyi alabilecek kapasitedeki Bouleuterion M.S. 1.yy da inşa edilmiş olup M.S. 2 yy da değişiklik görmüştür.
Roma Tiyatrosu
İyi korunmuş bu yapı, Roma imparatorluğu döneminde inşa edilmiştir. 12.000 kişilik tiyatronun sahne alanı 27 metre çapındadır. Tiyatronun sahne yapısının podyumlarında bulunan bağcılık ve şarapçılık tanrısı Dionysos un yaşamına ait frizler çok önemlidir. Çünkü Nysa tiyatrosundaki bu frizler Türkiye deki diğer kabartma frizlere sahip üç antik tiyatronun ( Hierapolis, Perge ve Side ) en iyi korunmuş durumda olanlarını oluşturur.
Tünel
Tonozlarla örtülü 100 m. Uzunluğundaki bu tünel, Strabon un belirttiği gizli bir yer altı geçididir. Bu tünel, Aydın dağlarından hızla akan sular için kanal görevini yerine getiriyor ve aynı zamanda tiyatro önündeki meydanı alttan destekliyordu.
Nekropol
Kentin Nekropol ü kentin batı tarafından Akharaka ya doğru giden kutsal yolun üzerinde bulunmaktadır. Bu mezarlıklar içindeyse genellikle lahitler bulunmaktadır.
Kiliseler
Nysa antik kentinde yapılan ilk araştırma olasılıkla tapınaklar üzerine inşa edilmiş olan 2 adet Bizans Kilisesine ait kalıntılara rastlanmıştır. Ancak, bugün kalıntılara ait izler kaybolmuştur.
Bizans çağında kent 12. yüzyılda Selçukluların yönetimi altına geçmiş, ancak kısa bir süre sonra yine Bizanslıların hakimiyeti altına girmiştir. Sonuçta kent Aydın da egemen olan Menteşe Emirliği tarafından ele geçirilmiştir. Nysa nın 1402 yılında Timurleng tarafından istila edilmesinden sonra kent yavaş yavaş önemini kaybetmiştir. Kentte bugün görülen kalıntıların büyük çoğunluğu Roma ve Bizans çağlarına aittir.