En parlak dönemini M.Ö 7. ve 6. yüzyılda yaşamıştır. Özellikle M.Ö. 650 den sonra Karadeniz ve Akdeniz deki kolonileri sayesinde çok zenginleşmiştir. M.Ö. 546 da Perslerin eline geçmiştir.
M.Ö. 38 de şehir, Roma imparatorlarının özel ilgisiyle özerkliğini elde etti. Böylece Milet İyon şehirleri arasında metropol düzeyine ulaştı. M.S. 3. yüzyıldan başlayarak, bu parlak dönem yavaş yavaş kötüye gitmeye başladı. Şehir, limanlar alüvyonla doldukça, etrafı bataklığa döndükçe ve sıtma tehlikeli boyutlara ulaştıkça terk edilmeye başlandı.
Bizans döneminde, şehrin sınırları oldukça daralmıştı ve binalar tiyatronun çevresinde toplanmıştı. Duvarlar yeniden inşa edildi ve bazı binalar restore edildi. M.S. 6. yüzyılda ilerlemek için yapılan çabalar ise uzun sürmedi. Erken Hıristiyanlık döneminde de önemli bir merkez olan Milet te, yerleşim yeri küçülmüş, 13. yüzyılda Selçuklu egemenliğine, daha sonra da Osmanlı egemenliğine geçmiştir.
Milet kuruluşunda bir liman kenti olmakla beraber, Büyük Menderes nehrinin getirdiği alüvyonlarla liman doldurulduğu için bugün denizden içeride bulunmaktadır. Kentte ızgara plan uygulanmış ve yapılar bu planın öngördüğü biçimde konumlanmışlardır.
Kentte bulunan yapılar arasında 15.000 kişilik kapasitesi olan ve son yıllarda onarılmaya başlanan Roma çağı yapısı Tiyatro, M.S. 1. yüzyılda inşa edilmiş Roma Hamamları, ana dini merkez olan Delphinion, Kuzey Agora, M.S. 1. yüzyıla ait Ionik Stoa, Capito hamamları, Gymnasium, 2. yüzyılda inşa edilen Bouleterion, 164 x 196 m. boyutlarındaki Güney Agora, M.S. 2. yüzyılda yapılan Faustina Hamamı önem kazanır.
Milet te ilk kazılar 1899 da Th. Wiegand tarafından başlatılmış ve 1938 e kadar devam etmiştir. İkinci Dünya Savaşından sonra tekrar başlatılan çalışmalar halen kazı ve onarımlarla Alman uzmanlar tarafından sürdürülmektedir.